Characterization of diversity and genetic structure in natural populations of Stryphnodendron adstringens (Mart. ) Coville by means of allozyme markers

O S. adstringens, árvore típica do Cerrado, tem sido explorada visando suas propriedades medicinais e tanantes. Em razão do ainda incipiente conhecimento genético da espécie, este trabalho teve como objetivo caracterizar a diversidade e a estrutura genética de S. adstringens por meio de marcadores aloenzimáticos. Foram coletadas sementes em cinco mesorregiões brasileiras, sendo amostrados 627 indivíduos divididos em 16 populações localizadas nos Estados de Minas Gerais e Goiás. Foram testados 14 sistemas isoenzimáticos; destes, sete foram polimórficos com o total de 10 locos e 28 alelos. O valor de diversidade genética média (H) foi 0,226, a proporção média de locos polimórficos (P) foi 68,75, o número médio de alelos por loco polimórfico (AP) foi 2,65 e o número efetivo de alelos (Ae) foi igual a 1,29. Resultados do índice de fixação total (F= 0,003), do índice de fixação dentro de populações (f = -0,114) e, da medida de diferenciação genética (θ =0,105) foram não significativos, indicando a inexistência de estruturação genética. Na análise de agrupamento (UPGMA) foram observados dois grupos principais, o primeiro formado pela população do Parque Estadual (PE) do Rio Preto (MG), e outro, formado pelas demais populações. Se excluída a população do PE do Rio Preto das análises, G ST é drasticamente reduzido de 0,077 para 0,026. Assim, aproximadamente 2/3 do valor total de G ST verificado em S. adstringens foi devido à variação entre a população do PE do Rio Preto e as demais populações. De modo geral, os valores H e P observados em S. adstringens são compatíveis aos constatados em árvores tropicais comumente distribuídas. Por outro lado, excluindo a população do PE do Rio Preto, o valor da medida de diferenciação genética G ST foi menor que o verificado em árvores tropicais nativas e pinheiros de zonas temperadas. A semelhança entre populações avaliadas indica que o fluxo gênico ainda é alto o suficiente para prevenir a diferenciação genética, pelo menos em nível local.

The S. adstringens, a typical Cerrado (Brazilian savannah) tree, is used because of its medicinal and tanning properties. Because of the still incipient genetic knowledge of the species, the objective of this work was to characterize the diversity and genetic structure of S. adstringens by using allozyme markers. Seeds were collected in five Brazilian mesoregions, in which 627 individuals in 16 populations in the states of Minas Gerais and Goiás were sampled. Fourteen isoenzyme systems were assessed, out of which seven were polymorphic with a total of 10 loci and 28 alleles. Average genetic diversity (H) was 0.226, average proportion of polymorphic loci (P) was 68.75, average number of alleles per polymorphic locus (AP) was 2.65 and effective number of alleles (Ae) was equal to 1.29. The results of total fixation index (F= 0.003), within population fixation index (f =-0.114) and genetic differentiation measure (θ =0.105) were not significant, which shows the inexistence of genetic structure. Two principal groups were found in the cluster analysis (UPGMA), where the first one was formed by the population of State Park (PE) of Rio Preto (MG) and the other, by the other populations. If the population of PE of Rio Preto is excluded from the analysis, G ST is drastically reduced from 0.077 to 0.026. Thus, approximately 2/3 of the total value of G ST found in S. adstringens was due to the variation among the population of PE of Rio Preto and the other populations. Overall, the values of H and P found in S. adstringens are compatible with the ones found in typically distributed tropical trees. On the other hand, by excluding the population of PE of Rio Preto, the value of the G ST genetic differentiation measure was smaller than the one found in native tropical trees from temperate zones. The similarity between the assessed populations shows that the gene flow is still high enough to avoid genetic differentiation, at the local level, at least.

Seleção, acasalamento e genotipagem seletiva e outras estratégias de amostragem na detecção de QTL / Selection, mating, and selective genotyping and other strategies of sampling on QTL detection

Foram simuladas diferentes estratégias de seleção para estimar o desempenho fenotípico e a endogamia média na seleção assistida por marcadores, em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade), e das populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas. Avaliaram-se estratégias de acasalamento entre os genitores selecionados, em diferentes intensidades de seleção (tamanhos populacionais), por meio do acasalamento seletivo entre os melhores e os piores, acasalamento apenas entre os melhores e/ou entre os piores e acasalamento aleatório. Em todos os cenários combinando herdabilidade e intensidade, o acasalamento estratégico utilizando a metodologia da genotipagem seletiva foi superior aos demais, tornando-se mais eficaz na detecção de QTL e, consequentemente, no incremento do valor fenotípico e na minimização das médias endogâmicas ao longo das gerações. Ao utilizar a estratégia seletiva de amostragem, menor tamanho populacional é requerido para otimizar a detecção de QTL à medida que o valor da herdabilidade da característica aumenta.

Different strategies of selection were simulated to estimate the phenotypic performance and average inbreeding in selection assisted by markers, for quantitative traits with heritability values of 0.10, 0.40, and 0.70. The genetic simulation system (Genesys) was used for the simulation of three genomes (each one consisting of a single characteristic which distinction was the value of heritability) and base and original populations. Each initial population was subjected to selection assisted by markers for 20 consecutive generations. Strategies of mating between the parents selected in different intensities of selection (population size) were evaluated by selective mating between the best and worst, mating only among the best and/or among the worst and random mating. In all scenarios combining heritability and intensity, the strategic mating using the methodology of selective genotyping was superior to the others, becoming more effective in detecting QTL and, consequently, in the increase of phenotypic value and in the minimization of the inbred average over the generations. By using the selective sampling strategy, smaller population size to optimize the detection of QTL is required, since the value of the heritability of the characteristic increases.

Epidemiological Survey of Listeria monocytogenes in a gravlax salmon processing line / Epidemiologia de Listeria monocytogenes em uma linha de processamento de salmão gravlax

Listeria monocytogenes is a cause of concern to food industries, mainly for those producing ready-to-eat (RTE) products. This microorganism can survive processing steps such as curing and cold smoking and is capable of growing under refrigeration temperatures. Its presence in RTE fish products with extended shelf life may be a risk to the susceptible population. One example of such a product is gravlax salmon; a refrigerated fish product not exposed to listericidal processes and was the subject of this study. In order to evaluate the incidence and dissemination of L. monocytogenes 415 samples were collected at different steps of a gravlax salmon processing line in São Paulo state, Brazil. L. monocytogenes was confirmed in salmon samples (41 percent), food contact surfaces (32 percent), non-food contact surfaces (43 percent) and of food handlers' samples (34 percent), but could not be detected in any ingredient. 179 L. monocytogenes isolates randomly selected were serogrouped and typed by PFGE. Most of L. monocytogenes strains belonged to serogroup 1 (73 percent). 61 combined pulsotypes were found and a dendrogram identified six clusters: most of the strains (120) belonged to cluster A. It was suggested that strains arriving into the plant via raw material could establish themselves in the processing environment contaminating the final product. The wide dissemination of L. monocytogenes in this plant indicates that a great effort has to be taken to eliminate the microorganism from these premises, even though it was not observed multiplication of the microorganism in the final product stored at 4ºC up to 90 days.

Listeria monocytogenes é um patógenode grande preocupação para as indústrias alimentícias, principalmente aquelas produtoras de alimentos prontos para consumo (RTE). Este microrganismo pode sobreviver às etapas de cura e defumação a frio, além de tolerar temperaturas de refrigeração. A presença de L. monocytogenes em pescados RTE com vida de prateleira longa representa um risco para a população susceptível, sendo o salmão gravlax deste tipo de produto. No presente estudo avaliou-se a incidência e disseminação de L. monocytogenes em 415 amostras de salmão gravlax obtidas de diferentes etapas de processamento de uma indústria localizada no Estado de São Paulo. A presença de L. monocytogenes foi confirmada em amostras de salmão (41 por cento), superfícies de contato (32 por cento) e não contato (43 por cento) e manipuladores (34 por cento), porém não se isolou o microrganismo em nenhum ingrediente. Do total de cepas isoladas, 179 destas foram escolhidas aleatoriamente e submetidas a sorologia e tipagem por PFGE. A maioria dos isolados pertenceu ao sorogrupo 1 (73 por cento), sendo identificados 61 pulsotipos quando se combinou os resultados de sorologia e PFGE e 6 clusters foram distribuídos em um dendrograma. O cluster A agrupou a maioria das cepas (120). Pode-se sugerir que as cepas foram introduzidas na linha de processamento por meio da matéria prima e contaminando o produto final. Estes resultados indicam que a eliminação de L. monocytogenes deste estabelecimento requer um grande esforço, ainda que o microrganismo não se multiplicou no produto final estocado a 4ºC por 90 dias.